Los murciélagos son un ejemplo de especie protegida por ley, que llega a constituir una plaga cuando se instalan en lugares que no integran su hábitat natural.
Además de por sus chillidos, los murciélagos instalados en edificios son causa de molestias por sus excretas y orina.

La acumulación de heces de murciélagos en áticos o en el suelo, crea un ambiente favorable para el crecimiento del Histoplasmosis capsulatum, un hongo fúngico que puede producir una enfermedad pulmonar conocida como Histoplasmosis.
Los murciélagos frecuentemente seleccionan los edificios que se encuentran cerca de agua (arroyos, estanques, lagos, etc.) y donde haya insectos en número adecuado. Aunque no se sabe cuales son las razones, los murciélagos se sienten atraídos por los edificios donde haya habido una infestación previa.

El primer paso para realizar el control de murciélagos consiste en la inspección y el diagnóstico de la infestación: se deben determinar todos los puntos de entrada y salida de los murciélagos, las deficiencias estructurales del edificio que contribuyen a la infestación, los lugares de perchado, el tamaño de la colonia y la especie de murciélago.

El objetivo en el control de murciélagos es la expulsión de la colonia que infesta el edificio. El control de los murciélagos se realiza sellando todas las aberturas. La mejor época del año para realizar el control es a finales de otoño, después de que los murciélagos han partido para su hibernación o a finales de invierno-principios de primavera, antes de que se vuelvan a instalar.

Cuando el método anterior resulta inviable, bien desde un punto de vista económico o de accesos, se pueden utilizar las redes de plásticos para aves.
A veces se utiliza la naftalina como repelente químico. Este método sólo es válido para espacios cerrados (áticos, falsos techos, etc.)

Algunos murciélagos descansan durante la noche en estructuras abiertas o en áreas exteriores de las casas, en estos casos se puede colocar fibra de vidrio como elemento disuasorio.

En el caso de los individuos aislados que entran en las casas a través de una ventana o puerta abierta o por la chimenea destapada, se deben dejar las vías de entrada abiertas para que el murciélago encuentre su camino de regreso al exterior siguiendo el flujo de aire fresco. Siempre hay que apagar las luces, pues en caso contrario, el murciélago buscará refugio en un lugar oscuro (detrás de un mueble, entre las cortinas, etc.)